Als Gegengewicht zu diesen Aktivitäten werden von zwei weiteren Arbeitsgruppen Aspekte der Instrumentellen Analytik vertreten: moderne Anwendungen der Massenspektroskopie sowie Röntgenstrukturanalytik. Die für die Organische Chemie wichtige Methode der NMR-Spektroskopie wird durch eine eigene Abteilung betreut.
Ein zweiter Schwerpunkt gilt der Isolierung und Strukturaufklärung von Naturstoffen aus Bakterien und Pilzen. Ein damit verknüpftes Arbeitsgebiet ist die Entwicklung massenspektroskopischer Verfahren zur Analyse und zum Nachweis organischer Verbindungen (z.B. verschiedene Drogen und Narcotika in Blut und Harn) sowie die Untersuchung von Zerfallsprozessen im Massenspektrometer.
Das Interesse einer Arbeitsgruppe gilt der supramolekularen Kristallchemie, d.h. der systematischen Planung, Realisierung und Analyse von Festkörperstrukturen.
Eine weitere Arbeitsgruppe beschäftigt sich mit verschiedenen Aspekten der präparativen und mechanistischen organischen Photochemie. Im Vordergrund der aktuellen Forschung stehen Untersuchungen zu photoinduzierten Elektronentransferreaktionen.
Ein wichtiger Schwerpunkt ist die Entwicklung effizienter Methoden, Verfahren und Strategien zum Aufbau biologisch relevanter Saccharidstrukturen. Hierfür werden auch chemoenzymatische Synthesen intensiv bearbeitet.
Ebenso wird die Qualität der Forschung durch die Kombination aus den klassischen organisch-chemischen Arbeitsmethoden, modernen Anwendungen (Stereoselektive Synthese, Enantionselektive Homogen- und Heterogenkatalyse, Radikal- und Photochemie, Aminosäure- und Kohlenhydratchemie, Bioorganische Chemie) und der instrumentellen Analytik gewährleistet.
Auch in Zukunft soll diese Kombination beibehalten werden und insbesondere bei der Wiederbesetzung des Lehrstuhls II Berücksichtigung finden. Auch soll in Zukunft verstärkt die Drittmitteleinwerbung auf der Basis interfakultativer und chemieinterner Kooperationen betrieben werden. Zur Zeit verfügen die Arbeitsgruppen am Institut für Organische Chemie über folgende Drittmittel: 6 DFG-Normalprojekte, 3 Projekte in DFG-Schwerpunktprojekten, 1 EU-Projekt, 1 BMBF-Projekt, zahlreiche Förderungen durch Industriekooperationen (u.a. mit Bayer, Merck, BASF, Boehringer, Degussa, Henkel, Hoechst.)