Das Institut wird geleitet vom Vorstand, gebildet aus den Professoren des Instituts. Vorsitzender ist der geschäftsführende Direktor sowie in seiner Vertretung der stellvertretende geschäftsführende Direktor, von denen je einer aus den Bereichen Geophysik und Meteorologie kommt. Die beiden geschäftsführenden Direktoren sind jeweils auch für die lehrstuhlspezifischen organisatorischen Belange ihres Institutsbereichs zuständig und wechseln alle 2 Jahre.