3. Molekulare Medizin:
Analyse von Erbkrankheiten am Beispiel der cystischen Fibrose

DNA-Datenbanken: NCBI, EBI oder ExPASy Proteomics Server.

Eine Kopie der CFTR-cDNA-Wildtyps.

Translation: Expasy-Server.

In das Eingabe-Kästchen kopieren Sie die kodierende Sequenz der DNA (Nukleotid (Base) 133 bis 4575) und dann auf TRANSLATE SEQUENCE klicken. Vergessen Sie vorher nicht, als Outputformat "Compact ("M","-", nospaces)" vorher auszuwählen.

Sie erhalten das Ergebnis in sechs frames. Die Aminosäuren werden in Einbuchstabenkodierung angegeben. Welche Aminosäure steht immer am Aminoterminus eines Proteins? Was steht am Carboxy-Terminus? Innerhalb der Sequenz darf natürlich kein STOPP-Codon stehen. Wenn Sie frame 1 auswählen, und dann auf Methionin klicken, erhalten Sie einen virtuellen SWISS-PROT-Eintrag im Format der Proteindatenbank.

Falls keine Verbindung mit dem Server hergestellt werden kann, hier ist eine Kopie der bereits translatierten Proteinsequenz.

Zur Arbeitserleichterung haben wir die Translation der Mutanten bereits für Sie vorgenommen. Klicken Sie die Sequenz von Ihrem Patienten:

Gruppe 1, Gruppe 2, Gruppe 3, Gruppe 4, Gruppe 5, Gruppe 6,
Gruppe 7, Gruppe 8, Gruppe 9, Gruppe 10, Gruppe 11, Gruppe 12

Die Sequenz vergleichen Sie mit der Sequenz des Wildtyps, Sie erstellen einen Sequence Alignment (Sequenzabgleich).

Die Ihnen gestellte Aufgabe lösen Sie mit dem Programm Blast2. Vergessen Sie nicht, das Program auf "Blastp" zu stellen (s. Abbildung). Das Ergebnis drucken Sie als Anlage zu Ihrem Praktikumsprotokoll.


Protokoll:
Bitte markieren Sie die Mutationsstelle und geben die Art der Mutation an. Die Aminosäuren werden in "Einbuchstabencode" angegeben. Benutzen Sie den genetischen Code und schlagen mögliche Basenaustausche vor.

Was bezeichnet man mit dem Begriff silent mutation? Stellen Sie eine kurze Tabelle aller Ihnen bekannten Mutationsarten: Substitution, Deletion, Insertion etc... zusammen.

Zum Schluss noch: Wenn Sie interessiert sind, schauen Sie sich kurz den Stand der Dinge an.

15 Oktober 2008