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Molmol ist ein Programm zur Manipulation und graphischen Darstellung von Molekülmodellen. Z.B. lassen sich damit die in der Protein Data Bank (PDB) (verfügbar auf der campfire) gespeicherten Strukturen visualisieren. Der Aufruf erfolgt in der Form: /vol/chemie/bin/molmol {optionen} bzw. einfach molmol {optionen} (letzteres nur, wenn man vorher - am besten mit environ/xenviron - /vol/chemie/bin in seine PATH-Variable gebracht hat.) Insbesondere die Option "-h" verhilft zu einer Auflistung aller möglichen Optionen. Molmol besitzt eine umfangreiche Online-Dokumentation, welche u. a. das Tutorial enthält. (Die zum Nachvollzug der im Tutorial aufgeführten 4 Beispiele notwendige Datei "1pit.pdb" kann man sich aus dem Verzeichnis "/vol/chemie/share/Molmol/data" kopieren.) Die Online-Dokumentation kann innerhalb einer Molmol-Sitzung über die help-Taste aufgerufen werden. Eine vollständige und detaillierte Beschreibung des Programms kann man dem Manual entnehmen.
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