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Uni Köln
Zentrum für Angewandte Informatik (ZAIK) / Universitätsweiter Service (RRZK)
Swiss-Pdb Viewer (SPDBV)
Der Swiss-Pdb Viewer (SPDBV) ist ein Programm zur gleichzeitigen Analyse mehrerer Proteine. Proteine können z.B. zum Vergleich der aktiven Zentren oder anderer interessanter Bereiche überlagert werden. Mit Hilfe einer intuitiven graphischen Oberfläche ist es leicht möglich, Informationen über Abstände, Winkel, Wasserstoffbrücken und vieles mehr zu erhalten. Weiterhin können mit Hilfe einer Anbindung an Swiss-Model (einem automatisierten "homology modelling server") Strukturmodelle aus einer 3D-Schablone (z.B. einer bekannten Struktur) und einer homologen Primärstruktur (Aminosäuresequenz) erzeugt werden.
Besonders interessant ist die Exportfunktion von PovRay 3 - files, mit denen hervorragende Grafiken errechnet werden können (Beispiele siehe hier).
Der Start von SPDBV erfolgt mit (SGI IRIX)
/vol/chemie/bin/swiss
oder einfach
swiss
(letzteres nur, wenn man vorher - am besten mit environ/xenviron - /vol/chemie/bin in seine PATH-Variable gebracht hat.)
Beim ersten Aufruf von SPDBV wird im Home-Verzeichnis ein Ordner names "SPDBV" angelegt. Dieser beinhaltet Benutzer-spezifische Informationen, Konfigurationsdateien etc. Das file ~/SPDBV/user.html beinhaltet Weblinks, die bei der Menüwahl ->Info->User defined links aufgerufen werden. Diese Datei kann den eigenen Anforderungen angepaßt werden. Im Ordner ~/SPDBV/PPOV legt SPDBV die exportierten PovRay-files ab.
Zu SPDBV gibt es eine Online-Hilfe und ein Tutorial, für letzteres benötigt man einige Dateien, die dort heruntergeladen werden können. Um die Fähigkeiten von SPDBV und seiner Schnittstelle zu PovRay zu demonstrieren, ist hier ein Beispiel zum nachmachen.
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