Gaupic

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Gaussian94-Output

Gaupic stellt die letzte Konfiguration eines Gaussian94-Outputfiles graphisch dar:

gaupic output.log

Zur Visualisierung wird Rasmol benutzt. Hieraus können leicht hochwertige Grafik-Dateien erzeugt werden (ps, gif, bmp).

Gaussian98-Output

Rasmol braucht als Input Daten im PDB-Format. Gaussian94-Outputfiles werden hierzu mit dem Programm BABEL gewandelt. Dies ist bei Gaussian98-Outputfiles nicht möglich. Die Gaussian Utility newzmat kann Gaussian Z-Matrizen oder CHK-Dateien ins PDB-Format konvertieren. Die errechnete Z-Matrix kann man aus dem Gaussian98-Output herauskopieren und mit einem Editor für newzmat aufbereiten. Hierzu muß man am Anfang 5 Zeilen und am Ende eine Leerzeile einfügen. Ein Beispiel:

----------------- ab hier --------------
#

Kommentar      H2O

 0 1
 O
 H,1,rOH
 H,1,rOH,2,wHOH
      Variables:
 rOH=0.98937473
 wHOH=100.01698985

----------------- bis hier --------------

Dafür gibt es in /vol/chemie/bin (für SUN und SGI) ein Skript, das die "Final structure" Z-Matrix aus dem LOGfile extrahiert und die zusätzlichen Zeilen einfügt. Mit dem Aufruf:

  glog2zmat.sh LOGfile ZMATfile

wird aus dem Gaussian Output LOGfile die Datei ZMATfile erstellt, die i.a. als Input für newzmat benutzt werden kann. Die Konvertierung dieser Datei ins PDB-Format kann mit dem Skript newzmat aus /vol/chemie/bin durchgeführt werden:

  newzmat -opdb inputfile pdbfile

wobei der inputfile die Datei mit der z-Matrix ist. Falls man kartesische Koordinaten benutzt, lautet der Aufruf:

  newzmat -icart -opdb inputfile pdbfile

Benutzt man die CHK-Datei, lautet der Aufruf:

  newzmat -ichk -opdb inputfile pdbfile

Dies hat den Vorteil, daß man den Input nicht aufzubereiten braucht. Die CHK-Dateien haben aber den Nachteil, daß sie erheblich größer als die Outputdateien sind.

Der Inputfile sollte die Extension .com bzw. .chk haben und beide Dateien - inputfile und pdbfile - sollten im Arbeitsverzeichnis liegen, also keine zusätzlichen Pfadangaben enthalten, da die newzmat Utility solche Dateiangaben offensichtlich nicht verarbeiten kann. Der pdbfile erhält die Extension .pdb, falls er keine Extension besitzt.

Mit

  rasmol pdbfile

erhält man die von gaupic gewohnte Darstellung.

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